为了实验室更好的发挥基础研究平台的作用，按照《陕西省重点实验室建设与管理规范》，结合实验室设置了理事会、学术委员会以及日常管理机构。理事会是本实验室的领导和决策机构。由理事长、理事长单位代表、理事单位代表和独立理事组成，每届任期三年；实验室设置学术委员会，学术委员会受陕西省科技厅和依托单位、成员单位的委托，是本实验室的学术指导机构。实验室的管理机构负责实验室的日常科研行政管理事务。